动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。

　　药谷完治（丰崎爱生 配音）是一名现代日本药学研究者，哪知道在误打误撞之中，竟然转生来到了异世界，成为了宫廷药师名家的儿子法尔玛。这是一个无论是药学还是科技都落后于现代的世界，可是在这里，完治获得了只有这个世界才有了神奇魔力。　　于是，完治决定运用自己获得的能力，以及在原本世界里所拥有的

　　全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。　　拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。　　“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。　　在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！

　　全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——　　拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。　　在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——　　从石

　　这里是除了人类以外，还有妖精丶兽人丶恶魔与天使等　　各种异种族混杂在一起居住的世界。　　自然，这里也会有各异种族的风俗小店…。　　经常光顾店里接受不可描述杀必死的人类冒险者·史坦克，　　某天与种族间（性方面的）感性不同的损友——好色妖精杰尔发生冲突。　　他们决斗的方法是……风俗娘的评鉴

　　安达樱（鬼头明里 配音）是学校里公认的不良少女，常常逃课偷懒。这一天，安达照例翘掉了无聊的体育课，却在体育馆二楼遇见了同样也翘了课的岛村抱月（伊藤美来 配音）。就这样，两个本来并不是太熟的女生开始了她们的交往，两人一起聊天、打保龄球、唱卡拉OK，她们都发现对方的身上有着和自己惊人相似的

　　本作以哈萨维为主角，采取三部曲的形式，讲述“逆袭的夏亚”之后的故事。

　　《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到

　　这是一个学习成绩决定了一切的世界，在这个世界里，在测验里拿到高分的人能够顺理成章的过上无忧无虑的幸福生活，而等待着那些落榜者的，就只是悲惨的惩罚。如此严苛的纪律使得人们自动分为了两派——注重实力，以真材实料取胜的L型，以及依靠着旁门左道的作弊技巧取胜的C型。　　当然，单纯的L型或是C型

　　住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。　　之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。　　古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。　　虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等