半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击

　　作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“

　　从很小的时候起，在母亲的引导和教导下，有马公生（花江夏树 配音）便将成为优秀的钢琴师当做了自己的毕生理想，一路走来，亦斩获了不少佳绩。不幸的是，在11岁那年，有马的母亲去世了，而有马亦再也无法听见自己所演奏的琴声，如此一来，他同自己最初的梦想渐行渐远。　　在念初三那年，一位名叫宫园薰（

　　升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！　　目标仅仅是全国制霸！！　　名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！！

　　双叶翔太郎（土屋神叶 配音）是一名刚刚升上高中的校园新鲜人，初三那年夏天，因为被苍高男子艺术体操社的表演所吸引，翔太郎选择考入这所学校，并且加入了体操社，在这里，他结识了一群志同道合的伙伴们。　　具备高超的实力但总是拒人于千里之外的美里良夜（石川界人 配音）、温柔可靠，课余兴趣是栽培盆

　　璃星（佐仓绫音 配音）个性活泼开朗，对甜食有着超越了一般人的狂热。蓝璃（日高里菜 配音）容易沉浸在自己的世界里，外表沉默寡言的她是个容易害羞的女孩。情同手足的姐妹两人和哥哥（松冈祯丞 配音）生活在同一屋檐下，在哥哥的照料和保护之下，璃星和蓝璃的每一天都在快乐中度过。　　超级吃货真子（高

　　三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并

　　抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美

　　因突变而产生操作火焰的变种人“燃烧者”，让半个世界被大火烧成焦土，陷入前所未见的惨状。在那之后的30年，当中一群激进份子“疯狂燃烧者”再次对世界发动攻击。为了镇压他们引发的火灾，普罗米波利斯自治共和国司政官古雷，组织了针对“燃烧者”而设置的高机动救命消防队“烈焰救火队”。效命于“烈焰救

　　根据日本漫画家高嶋博美创作的百合漫画《牵牛花与加濑同学》改编的剧场版动画。主角山田结衣是位个性内向、喜欢植物的高中2年级学生，班上的园艺股长；在她隔壁班的加濑同学是田径队的王牌及校内风云人物。某一天，山田与加濑她们两人因山田种的牵牛花而相识，并成为好朋友。