自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗

　　在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。　　就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年

　　寻找101体〈Chemi〉！　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！　　101张卡片进行形态变换！？　　高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！