《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。

　　本田朱辉（长绳麻理亚 配音）是刚刚升上高中一年级的可爱女生，在开学典礼那一天，朱辉偶然遇见了专门制作同人游戏的社团“SNS部”的成员们，一直以来都没有找到自己真正想做的事情的朱辉终于确定了理想，那就是制作同人游戏。　　然而，对于游戏制作，无论是哪一方面朱辉都可谓是一窍不通。每天都被阴云

　　某一日，人类平静的生活因为一种名叫“兽”的生物的侵袭而彻底画上了句号。当最后的人类威廉（新井良平 配音）从沉睡之中醒来时，他发现，已经500年过去了，而威廉的身上，承载了人类延续的最后的希望。　　这个世界上能够和兽抗衡的，只有懂得如何使用圣剑的妖精，然而，这些妖精们将自己化为利剑，一旦

1～4：香港九龙财宝杀人事件 5：速水玲香与不速之客 6～9：炼金术杀人事件 10～14：狱门塾杀人事件 15～16：高空一万米的杀人 17：露营场怪事件 18：跳水池的恶灵 19～22：剑持警部的杀人 23～25：游戏馆杀人事件

　　真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘

　　故事发生在室江高中，身为剑道部的顾问，石田虎侍（小西克幸 配音）每一天都过着浑水摸鱼的懒散日子，剑道这项本该令人热血沸腾的运动在他看来，不过是一群小孩子的小打小闹而已。一个契机的到来改变了石田的生活，为了赢得赌注中的一年份免费寿司，石田决定打起精神，为了赢得剑道部的大赛而奋发努力。　　

　　这个世界称之为阿斯提尔，在这个世界的中心，插着一把高耸入云的巨剑“大地之剑”。这是对想入侵这个世界的邪龙族的一个结界封印。每隔一千年，这个封印的力量都会达到一个低潮，邪龙族也会在此时进行侵略，而每到这个时候，大陆上都会出现驾驭着生命体机甲“龙”而与邪龙族进行战斗的勇士。而在这个故事的开

　　铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而

　　银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧。　　特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。　　鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。　　而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久

　　小学生友永勇太和警视厅为了对抗高科技犯罪而知道的AI机器人デッカード成为了好朋友，并以此为契机成为了少年警察官，领导机器警察队“ブレイブポリス”同犯罪做斗争。